Какая система удаления навоза будет применяться в конкретном хозяйстве — вопрос неоднозначный. Ее выбор зависит от принятой технологии содержания животных и выбранных средств механизации. На удаление навоза уходит около 50% всех трудозатрат на обслуживание животных. На данный момент в хозяйствах применяется одна из трех систем удаления навоза: механическая, гидравлическая и самотечная.
Механическая система удаления навоза подразумевает использование скребковых и скреперных транспортеров ТСН-160А, ТСН-2ОБ, ТСН-3Б, посредством которых осуществляется уборка навоза из продольных навозоприемных каналов; ТС-1 и УСП-12, с помощью которых происходит навозоудаление из поперечных каналов в двух или несколько расположенных рядом животноводческих помещениях. Навозопогрузчики НКП-30 используются для выгрузки навоза из приемника. Транспортерная система удаления навоза с применением механических средств уборки рекомендуется для хозяйств, которые осуществляют кормление животных собственными кормами, используют подстилочный материал и расположены в непосредственной близости от залегания грунтовых вод — в случаях когда применение самосплавной или гидравлической систем нецелесообразно.
Гидравлическая система навозоудаления подразумевает уборку навоза посредством сильной струи воды.
При использовании самотечной системы навозоудаления масса самотеком движется по горизонтальному каналу. Действие этой системы может носить непрерывный и периодический характер. В первом случае в конце канала устанавливают порог высотой до 40 см, обеспечивая таким образом непрерывное удаление. Для обеспечения периодического действия применяется шиберное устройство, за счет которого удаление навоза осуществляется через несколько дней по мере наполнения канала. Шиберное устройство представляет собой калитку или заслонку, которая плотно перекрывает канал. Герметичность перекрытия определяет надежность системы. Ширина навозного канала при самотечной системе составляет 1-2,4 метра, глубина — от 1 метра, длина — до 40 метров. Содержание животных осуществляется на щелевых полах, под которыми находятся навозосборные железобетонные каналы с коллекторами на концах. Каналы делают без уклона и оборудуют на переходах стационарными порогами из бетона высотой 45 см. Таким образом, система удаления навоза образует единый коллектор как внутри помещения, так и за его пределами. Чтобы осуществить выгрузку навоза из сборника и транспортировать его в навозохранилище для дальнейшего хранения рекомендуется использовать шнековый насос или насосы с измельчающими устройствами.
У каждой системы навозоудаления есть свои достоинства и недостатки. Вместе с тем, принятая к использованию система должна обеспечивать соблюдение санитарно-гигиенических требований и охраны окружающей среды в хозяйстве. Хранение навоза должно осуществляться ниже водозаборных сооружений, на производственной территории с подветренной стороны.